La Asamblea General de EHGEP, formada por la totalidad de los Asociados, es el órgano soberano de decisión. Esta Asamblea nombra una Junta Directiva que rige, administra y representa a la Asociación.
Actualmente la Junta Directiva de EHGEP está formada por los siguientes socios:
PRESIDENTA
Ana Hormaetxea Ibarbengoetxea 
VICEPRESIDENTE
Aitor Eneriz Pérez
SECRETARIO
Pedro José Rivero Aurre
TESORERO
Miguel Gómez-Tejedor
VOCALES
Arantza Ibarra Basañez
David Pérez Sañudo